CU CUBiDA: CyTOF data analysis pipeline

Jan 26
26. January 2023 15:30 - 16:15
Dr. Wolfgang Krebs, Erlangen | online

Kolloquium der Core Unit Bioinformatik, Datenintegration und -Analyse (CUBiDA), am Donnerstag, den 26.01.2023 um 15:30 Uhr:

* Titel: CyTOF-Datenanalysepipeline
* Thema: Bioinformatik
* Referent: Dr. Wolfgang Krebs
* Abstrakt: Massenzytometrie CyTOF (Cytometry Time Of Flight) ermöglicht simultane Single-Cell Messungen von zellulären Markern oder Proteinen, um die Zellheterogenität zu charakterisieren und neue zelluläre Subpopulationen zu identifizieren. Angesichts der Komplexität und hohen Dimensionalität von CyTOF-Daten sind Bioinformatik-Tools für die Interpretation und Analyse erforderlich. In der CUBiDA wurde ein Bioinformatik-Workflow implementiert, der die CyTOF-Datenanalyse mit modernsten Tools durchführt. Dieser Workflow umfasst die Datenqualität, Batch-Korrektur und unüberwachtes Clustering mit dem FlowSOM-Algorithmus (unter Verwendung von „self-organizing maps“), um bekannte und unbekannte Zellpopulationen zu charakterisieren. Zusätzlich werden während der Analyse verschiedene Visualisierungen wie tSNE oder UMAP generiert, die eine detaillierte Interpretation der Ergebnisse ermöglichen. Für die statistische Analyse werden „generalized linear mixed models“ (GLMM) oder „linear mixed models“ (LMM) verwendet, um die Änderungen in der Häufigkeit von Zellpopulationen zu bewerten oder um zellpopulationsspezifische Unterschiede in Signalisierungsmarkern zu finden. In diesem Kolloquium stellen wir den oben genannten Workflow/die Pipeline für die CyTOF-Datenanalyse vor, der flexibel an die Studienanforderungen angepasst werden kann.
* Ort Webex: https://uk-erlangen.webex.com/uk-erlangen/j.php?MTID=mfa8088026974da77de04e981fb3b7abd
* Hinweis: Der Vortrag wird in englischer Sprache gehalten

Bei Rückfragen können Sie sich gerne jederzeit über mik-cubida@uk-erlangen.de an uns wenden. Bitte leiten Sie diese Einladung an andere Personen weiter, die an diesen Vorträgen interessiert sein könnten.